El santuario está situado en el cañón del río Guáitara, en el corregimiento de Las Lajas del municipio de Ipiales, a siete kilómetros de la cabecera municipal, en el departamento de Nariño, Colombia, a 10 km de la frontera con el Ecuador.

La edificación actual, construida al principio del siglo XX, sustituyó una capilla que databa del siglo XVIII y es una iglesia de piedra gris y blanca de estilo neogótico, a imitación del gótico del siglo XIV, compuesta de tres naves construidas sobre un puente de dos arcos que cruza sobre el río y que hace de atrio o plaza de la basílica uniéndola con el otro lado del cañón.

La altura del templo, desde su base hasta la torre es de 100 metros, y el puente mide 50 metros de alto por 17 metros de ancho y 20 metros de largo.

El edificio principal mide 27,50 m de fondo por 15 m de ancho. En el interior, las tres naves están cubiertas con bóvedas de crucería.

Tiene mosaicos en fibra de vidrio y en el día, su iluminación la da la luz que se filtra por los vitrales hechos por el alemán Walter Wolf. El fondo o ábside de las tres naves es el muro de piedra natural del cañón y en la nave central se destaca la imagen de la Virgen del Rosario pintada por un autor desconocido en una piedra laja. El basamento del templo propiamente dicho, además de los dos arcos de medio punto del puente, es una cripta a imitación del estilo románico, de tres naves cubiertas con bóvedas de cañón de estructura en piedra sillar y que está dedicada al Sagrado Corazón de Jesús.